病原支原体中，肺炎支原体引起肺炎，人型支原体、解脲支原体和生殖支原体主要引起泌尿生殖道感染。
支原体肺炎，又称原发性非典型肺炎，一年四季都可发生，尤其是冬季，可能会有小范围的流行。支原体肺炎是学龄前儿童和青少年中常见的肺炎。
支原体肺炎主要通过飞沫传播，潜伏期较长，为2 ~ 3周。支原体肺炎虽然病程长，肺部病变重，炎症吸收慢，但多数预后良好。病原体为肺炎支原体，是介于细菌和病毒之间的一种微生物，无细胞壁结构，兼性厌氧，可独立生存。健康人通过吸入咳嗽和打喷嚏患者的口鼻分泌物而感染。
病原体通常存在于呼吸道纤毛上皮之间，不侵入肺实质，通过细胞膜上的神经氨酸受体位点吸附在宿主呼吸道上皮细胞表面，抑制纤毛活动，破坏上皮细胞。
生殖支原体感染是近年来新发现的性传播疾病。成年人主要通过性接触传播，新生儿在分娩过程中受母亲生殖道感染。成年男性感染尿道粘膜，而女性感染子宫颈。新生儿主要引起结膜炎和肺炎。
支原体感染临床表现为：
1、泌尿生殖道感染
泌尿生殖道感染：潜伏期为1～3周，典型的急性期症状与其他非淋病性生殖泌尿系统感染相似。
表现为尿道刺痛，不同程度的尿急及尿频，排尿刺痛，特别是当尿液较为浓缩的时候明显，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量黏液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆，亚急性期常合并前列腺感染。
患者在做肛提肌时，经常会出现会阴疼痛、腰酸、双腿内侧不适或从会阴向双腿内侧发散的刺痛感。女性患者常见到以宫颈为中心的生殖系统炎症，大多无明显自觉症状，少数重症患者有阴道脱落感。当感染扩散到尿道时，尿频、尿急是引起患者注意的主要症状。感染局限于宫颈，表现为白带增多，宫颈浑浊水肿。
2、呼吸道感染
发病缓慢，潜伏期2 ~ 3周。疾病开始时，有全身不适、疲劳和头痛。发热发生在2 ~ 3天后，体温往往达到39左右，持续1 ~ 3周，可能伴有咽喉痛、肌肉酸痛。
咳嗽是本病的突出症状，一般在发病后2 ~ 3天开始，起初以干咳开始，后转为难治性重症咳嗽、，常有痰粘，偶有血丝，少数病例可与百日咳相似。可持续1 ~ 4周。肺部体征大多不明显，甚至没有。少数人能听到干、湿音乐。但多片消失，故体征与严重咳嗽、发热等临床表现不符，这是本病的特点之一。
婴幼儿发病急，病程长，病情重，表现为呼吸困难、喘息、喘息声更为突出，肺部罗音多于大龄儿童。部分儿童可能患有溶血性贫血、脑膜炎、心肌炎、格林-巴利综合征等肺外表现。
