阜阳市第二人民医院始建于1972年，前身为阜阳行署传染病医院。自上世纪80年代起，坚持走“大专科、小综合”的办院之路，1997年，在全国专科医院中，首家按照综合医院标准，通过二级甲等医院评审，成为以“大专科、小综合”为特色的二级甲等综合性医院。本世纪初，发展为传染病“强专科”和其它多学科“大综合”为特色的综合性医院。2011年3月，晋升为安徽省首家、也是目前唯一一家三级甲等传染病专科医院。同时，也是安徽医科大学阜阳临床学院，蚌埠医学院教学医院，多项诊疗技术居阜阳市领先水平，是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一，医疗服务范围辐射周边省、市地区。年门急诊总量达40余万人次，住院病人达5余万人次。
　　全院占地面积100亩，拥有固定资产3.6亿元，编制床位 1800 张，目前实际开放床位1300张，在职职工1567 人，其中在职正高级职称人员28名、副高级职称人员109名，返聘高级职称人员11人，中级职称专业技术人员476人，江淮名医3名，安徽医科大学硕士生导师9名，安徽医科大学和蚌埠医学院兼职教授、副教授76名，阜阳市专业技术拔尖人才12名，阜阳市卫生系统学术和技术带头人（含培养对象）11名，市委组织部高层次专业技术后备人才12名，“健康阜阳”高层次专业技术后备人才12名。
　　传染病部分设有呼吸与危重症医学科感染病区、结核病科、肝病科（三个病区）、感染科（三个病区）；内科部分 设有呼吸与危重症医学科（综合病区和危重症病区）、肾脏病科、血液净化科、肿瘤内科、心血管内科（两个病区及干部病房）、中西医结合心血管科/神经内科、内分泌科、消化内科、全科医学科/老年病科/血液内科、重症医学科（ICU）内科病区；外科部分 设有普通外科（两个病区）、胸心外科、神经外科、泌尿外科、泌尿男科、血管外科、骨科（两个病区）、妇科、产科、皮肤性病科、重症医学科（ICU）外科病区；其它临床学科 设有儿科、新生儿科、急诊科（内科病区和外科病区）、耳鼻喉头颈外科、口腔科、眼科、康复医学科、高压氧科、麻醉科、手术室；医技科室 设有CT室、磁共振室、放射科、介入诊疗中心、超声医学科、功能检查科、医学检验科、病理科、内镜诊疗中心等 59个学科，以及健康体检中心一所。其中呼吸与危重症医学科、肝病科为安徽省“十二五”临床医学重点培育专科，肾脏病科、胸心外科分别为安徽省“十三五”医疗卫生重点培育专科和重点特色专科，呼吸与危重症医学科、肝病科和肾脏病科为阜阳市临床医学优先发展学科，胸心外科、结核病科、重症医学科、血液净化科、骨科为市级第五周期临床重点学科，普通外科、泌尿外科、心血管内科为市级第五周期临床重点培育专科。其中呼吸与危重症医学科、肝病科、骨科、胸心外科、医学检验科、肾脏病科、心血管内科七个学科为安徽医科大学硕士生培养点；肝病科、感染病科为阜阳市住院医师规培基地感染病专业协作规培科室。
　　拥有美国GE-Revolution 256排螺旋CT，德国西门子SKYRA３.0T磁共振，美国GE Discovery XR-656 DR、日本岛津SONIALVISION G4 数字化多功能X射线透视摄影系统，美国GE 1000mA LCE+型数字减影血管造影机，德国西门子直线加速器、意大利百胜和美国飞利浦彩超；日本日立生化流水线、西森美康血液细胞分析流水线、西森美康CS-5100型全自动血凝分析仪，美国雅培化学发光免疫流水线、BD-960型分支杆菌培养鉴定仪，法国梅里埃全自动血培养仪、梅里埃全自动微生物鉴定药敏分析仪，全自动核酸提取仪；德国迈科唯ECMO生命支持系统，德国德尔格C300型、迈科唯伺服s型、伺服I型等系列呼吸机；日机装系列血液透析机及血液透析滤过机，德国费森尤斯床边CRRT，热消毒小循环EDI超纯水系统；日本潘太克斯电子胃镜系统、肠镜，日本潘太克斯和奥林巴斯气管镜；瑞士EMS第五代碎石清石系统，德国斯导思腹腔镜，美国史赛克胸腔镜、宫腔镜，日本奥林巴斯胆道镜，高压氧舱，德国贝朗 CRRT 人工肝支持系统等一系列高新设备。
　　近年来，全院共开展新项目、新技术200余项，其中经皮肝组织穿刺活检术，肺、肾组织穿刺活检术目前是安徽省先进、阜阳市领先的诊疗技术；经内镜血管套扎和硬化剂注射技术是阜阳市率先开展和领先的诊疗技术。其他：如腹膜透析技术、心脏病介入诊疗技术、布加氏综合征术、腹腔镜下宫颈癌根治术、腹腔镜下全膀胱切除术等腹腔镜治疗技术、胸腔镜治疗技术、肝胆外科技术、血液净化技术、经气管镜治疗技术等新技术项目，或填补了阜阳市医疗技术的空白，或处于阜阳市行业内领先水平。
　　近年来，医院获省、市科研立项课题100多项，市科技进步奖30余项。全院共发表学术论文400余篇。荣获2014年度市级科学技术进步奖二等奖3项，三等奖1项；2016年度，由周晓平等完成的《阜阳市基层医疗机构医院感染管理现状调查及干预卫生经济学研究》获阜阳市科学技术进步奖二等奖；由李龙海、王建等完成的《肾活检病理变化的临床研究》获三等奖。
　　近年来，医院作为阜阳市市级三级甲等医院和全省唯一的三甲传染病专科医院，多次成功有效应对非典、人禽流感、手足口病、甲型 H1N1 流感等突发公共卫生事件重症病人救治工作，为保障群众的健康及生命安全做出了突出贡献。2003 年院党委被中央组织部授予“全国非典防治先进基层党组织”，医院被国家人事部、卫生部联合授予“全国非典防治先进单位”；2006年和2007年连年分别荣立阜阳市人民政府人禽流感救治工作和5•4氨中毒救治工作集体二等功；2006 年4月被省卫生厅表彰为“全省人禽流感救治工作先进集体”；2011年10月，被省委、省政府评为第九届安徽省文明单位；2008年3月被评为全省卫生系统先进集体，10月被省政府评为安徽省手足口病防治工作先进集体；2012年6月，被表彰为全国医院文化建设先进单位；2014年4月被表彰为“安徽省劳动竞赛先进集体”；2016年5月，被中国肝炎基金会授予“全国肝胆病防治技术示范基地”；2017年8月，被中华医学会授予“中国食管胃静脉曲张诊治规范基地”；2018年8月，被省卫生计生委授予“安徽省健康促进医院”等荣誉称号。