除了介导治疗反应外，微生物组成还可以作为治疗毒性作用或免疫相关不良事件irAEs管理的重要靶点。妇科肿瘤的放疗和化疗可引起泌尿生殖系统、阴道、直肠和皮肤相关的毒副反应。总的来说，微生物组成和治疗毒性之间的联系尚不清楚；然而，动物模型的初步研究表明，肠道微生物菌群可以介导与化疗相关的胃肠道毒性反应，包括腹泻、胃肠道疼痛和出血。

除了胃肠道毒性外，癌症治疗对阴道及局部微生物组成都有不良影响。阴道狭窄和外阴阴道萎缩VVA是盆腔放疗或近距离放射治疗宫颈癌和子宫内膜癌中的常见的不良反应。阴道狭窄的定义为阴道的缩短和变窄，导致患者干燥、瘙痒和不适，并且引起放疗造成的细胞损伤，导致阴道壁变薄。外阴阴道萎缩VVA患者的阴道分泌物中的糖原降低，可能导致与健康相关的乳酸菌种类的下降。阴道狭窄和VVA的治疗需要使用阴道扩张器、润滑剂和保湿剂，并且建议患者进行性交，所有这些都可能影响阴道微生物菌群的组成和/或稳定性。虽然还没有研究阴道狭窄与局部阴道微环境和微生物组成变化之间的联系，但有一份报告显示，射线会对阴道细菌群落产生不利影响。这项前瞻性研究n=19描述了妇科癌症放疗前后阴道微生物菌群的特征，特别是治疗后BV相关细菌如动弯杆菌、阿托波菌和普雷沃菌增加，其他BV相关微生物如加德纳、消化链球菌及健康相关乳杆菌降低。妇科癌症治疗后的急性和长期毒性作用会深刻影响幸存者的生活质量。因此，研究微生物菌群及其与治疗毒性作用的关系，对于制定减少这些治疗毒性或免疫相关不良事件并提高这些患者和幸存者生活质量的策略至关重要。